Il sovrano pontefice. Un corpo e due anime: la monarchia papale nella prima età moderna

Questo studio, pubblicato nel 1982, più volte ristampato, tradotto in inglese, si è imposto come testo fondamentale riguardo la forma statuale del papato e sul ruolo decisivo che esso giocò nello sviluppo dello stato moderno, in particolare per quanto attiene l'incorporazione della religione all'interno della politica e la costruzione delle moderne chiese territoriali. Prodi ha poi proseguito la lettura della moderna evoluzione del rapporto tra politica e religione con il saggio sul giuramento "Il sacramento del potere" (1992) e con "Una storia della giustizia" (2000), che ha avuto vasta risonanza. La nuova edizione aggiunge una postfazione nella quale l'autore riprende le fila del dibattito sulla monarchia papale successivo alla pubblicazione.